Tahun 1999 Tanaman Pangan menjadi salah satu sub dinas di Dinas Pertanian Tanaman Tangan provinsi DIY dengan nama Sub Dinas Produksi Tanaman Pangan. Sampai dengan tahun 2001 Dinas Pertanian bernama dinas Pertanian Tanaman Pangan. Pada tahun 2002 Dinas Pertanian Tanaman Pangan Provinsi DIY bergabung dengan Dinas Peternakan dan Kanwil Pertanian DIY menjadi Dinas Pertanian Propinsi DIY. Sub Dinas Produksi Tanaman Pangan bergabung dengan Sub Dinas Tanaman Pangan menjadi Sub Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura. Sesuai dengan Perda No 6 Tahun 2008 Subdinas Tanaman Pangan dan Hortikultura pecah menjadi 2 bidang yaitu : Bidang Tanaman Pangan dan Bidang Tanaman Hortikultura. Berdasarkan Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta.
Bidang Tanaman Pangan mempunyai tugas pembinaan dan fasilitasi produksi, pengelolaan lahan dan air, sarana prasarana serta pascapanen, pengolahan, pemasaran, pembiayaan tanaman pangan untuk meningkatkan produksi tanaman pangan. Bidang Tanaman Pangan mempunyai fungsi:
- penyusunan program kerja Bidang Tanaman Pangan;
- penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis tanaman pangan;
- penyelenggaraan fasilitasi dan pengembangan sarana dan prasarana produksi, pascapanen, pengolahan, pembiayaan, mutu, dan pemasaran tanaman pangan;
- perumusan bahan kebijakan pengembangan teknologi produksi tanaman pangan;
- pelestarian tradisi tanaman pangan;
- pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan program Bidang Tanaman Pangan; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsi Dinas.
Bidang Tanaman Pangan terdiri dari 2 (dua) Kelompok, yaitu Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Tanaman Pangan serta Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Tanaman Pangan yang masing-masing dipimpin oleh Eselon IV.
Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Tanaman Pangan berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Bidang Tanaman Pangan sebagai Koordinator. Kelompok Substansi ini bertugas menyelenggarakan produksi serta pengelolaan lahan dan air tanaman pangan. Fungsi dari Kelompok Substansi dan Pengelolaan Lahan dan Air Tanaman Pangan adalah:
- penyusunan program kerja Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Tanaman Pangan;
- pengelolaan data lahan, air, dan produksi tanaman pangan;
- penyusunan pedoman teknis pengelolaan lahan dan air untuk tanaman pangan;
- penyusunan pedoman teknis penerapan pola tanam dan teknologi budidaya;
- pemetaan pengembangan rehabilitasi, konservasi, optimasi lahan, dan pengendalian alih fungsi lahan pertanian;
- rehabilitasi jaringan irigasi tersier, pemanfaatan air irigasi, dan pengembangan sumber air pertanian;
- pemberian fasilitasi untuk peningkatan dan pengembangan produksi tanaman pangan;
- penyelenggaraan pembinaan, supervisi, fasilitasi pengembangan dan penerapan hasil pengkajian teknologi produksi tanaman pangan;
- pemantauan pengelolaan sumber air, air irigasi, dan pemberdayaan kelembagaan petani pemakai air untuk tanaman pangan;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Tanaman Pangan; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsi Dinas.
Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Tanaman Pangan berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Bidang Tanaman Pangan sabagai Koordinator. Kelompok Substansi ini bertugas melaksanakan pengelolaan sarana prasarana produksi dan pascapanen, pengolahan pemasaran dan mutu hasil tanaman pangan. Fungsi dari Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Tanaman Pangan:
- penyusunan program kerja Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Tanaman Pangan;
- pelaksanaan identifikasi, inventarisasi kebutuhan sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, dan mutu hasil tanaman pangan;
- pengelolaan data sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, pembiayaan, dan mutu hasil tanaman pangan;
- penyusunan pedoman teknis sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, dan mutu hasil tanaman pangan;
- pelaksanaan bimbingan teknis sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, dan mutu hasil tanaman pangan;
- pengawasan pengadaan, peredaran, penggunaan, dan pemenuhan standar mutu pupuk dan pestisida;
- penyebarluasan informasi, pembinaan, pemantauan, danevaluasi pengendalian mutu hasil tanaman pangan;
- pelaksanaan pembinaan dan fasilitasi promosi, pembiayaan, pengembangan sarana dan kelembagaan;
- pemantauan, evaluasi pemasaran dan penyebaran informasi harga komoditas tanaman pangan;
- pembinaan dan pengawasan penerapan standar teknis, serta pembinaan peningkatan mutu dan pengolahan hasil pertanian;
- pemantauan dan evaluasi dan penyusunan laporan Kelompok Substansi Sarana Prasarana, Pengolahan dan Pemasaran Hasil Tanaman Pangan; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsi Dinas.