Sampai dengan tahun 2001 Dinas Pertanian bernama Dinas Pertanian Tanaman Pangan. Subsektor Hortikultura masih merupakan bagian kecil dari salah satu seksi di Sub Dinas Produksi dengan nama Seksi Palawija dan Hortikultura. Tahun 1999 Hortikultura menjadi salah satu bidang di Dinas Pertanian Tanaman Pangan Provinsi DIY dengan nama Sub Dinas Produksi Hortikultura. Pada tahun 2002 Dinas Pertanian Tanaman Pangan Provinsi DIY bergabung dengan Dinas Peternakan dan Kanwil Pertanian DIY menjadi Dinas Pertanian Propinsi DIY. Sub Dinas Produksi Hortikultura bergabung dengan Sub Dinas Tanaman Pangan menjadi Sub Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura yang mempunyai 3 seksi , dan Hortikultura menjadi 1 seksi : Seksi Teknik Budidaya Hortikultura. Tahun 2004 sub Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura menjadi Bidang Bina Produksi Tanaman Pangan dan Hortikultura dengan 4 seksi, Hortikultura ditangani oleh 2 seksi :
- Seksi buah - buahan
- Seksi sayuran dan aneka tanaman
- Sesuai dengan perda no 6 tahun 2008 subdinas tanaman pangan dan hortikultura pecah menjadi 2 bidang, : bidang tanaman pangan dan bidang tanaman hortikultura. bidang tanaman hortikultura mempunyai tiga seksi :
- Seksi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Hortikultura
Bidang Hortikultura mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan hortikultura untuk meningkatkan produksi hortikultura. Untuk melaksanakan tugas tersebut, Bidang Tanaman Hortikultura mempunyai fungsi :
- penyusunan program kerja Bidang Hortikultura;
- penyiapan bahan rumusan kebijakan teknis hortikultura;
- penyelenggaraan fasilitasi dan pengembangan sarana dan prasarana produksi, pascapanen, pengolahan, pembiayaan, mutu, dan pemasaran hortikultura;
- perumusan bahan kebijakan pengembangan teknologi produksi hortikultura;
- pelestarian tradisi hortikultura;
- pelaksanaan dekonsentrasi dan tugas pembantuan;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan program Bidang Hortikultura; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsi Dinas.
Selanjutnya Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta nomor 1 tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah, Daerah Istimewa Yogyakarta, Bidang Tanaman Hortikultura dibagi menjadi 2 kelompok yaitu Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Hortikultura serta Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Hortikultura. Seksi tersebut masing-masing dipimpin oleh Eselon IV yang berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Bidang Hortikultura sebagai Koordinator.
Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Hortikultura mempunyai tugas melaksanakan produksi dan pengelolaan lahan dan air hortikultura. Fungsi dari kelompok ini adalah:
- penyusunan program kerja Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Hortikultura;
- pengelolaan data lahan, air, dan produksi hortikultura.
- penyusunan pedoman teknis pengelolaan lahan dan air untuk hortikultura;
- penyusunan pedoman teknis penerapan pola tanam dan teknologi budidaya;
- pemetaan pengembangan rehabilitasi, konservasi, optimasi lahan, dan pengendalian alih fungsi lahan pertanian;
- rehabilitasi jaringan irigasi tersier, pemanfaatan air irigasi, dan pengembangan sumber air pertanian;
- pemberian fasilitasi untuk peningkatan dan pengembangan produksi hortikultura;
- penyelenggaraan pembinaan, supervisi, fasilitasi pengembangan, dan penerapan hasil pengkajian teknologi produksi hortikultura;
- pemantauan pengelolaan sumber air, air irigasi, dan pemberdayaan kelembagaan petani pemakai air untuk hortikultura;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan Kelompok Substansi Produksi dan Pengelolaan Lahan dan Air Hortikultura; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsi Dinas.
Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Hortikultura mempunyai tugas melaksanaan pengelolaan sarana prasarana produksi dan pascapanen, pengolahan pemasaran dan mutu hasil hortikultura. Fungsi dari kelompok ini adalah:
- penyusunan program kerja Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Hortikultura;
- pelaksanaan identifikasi, inventarisasi kebutuhan sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, dan mutu hasil hortikultura;
- pengelolaan data sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran, pembiayaan, dan mutu hasil hortikultura;
- penyusunan pedoman teknis sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran dan mutu hasil hortikultura;
- pelaksanaan bimbingan teknis sarana produksi, sarana pascapanen, pengolahan, pemasaran dan mutu hasil hortikultura;
- pengawasan pengadaan, peredaran, penggunaan, dan pemenuhan standar mutu pupuk dan pestisida;
- penyebarluasan informasi, pembinaan, pemantauan, dan evaluasi pengendalian mutu hasil hortikultura;
- pelaksanaan pembinaan dan fasilitasi promosi, pembiayaan, pengembangan sarana dan kelembagaan;
- pemantauan, evaluasi pemasaran dan penyebaran informasi harga komoditas hortikultura;
- pembinaan dan pengawasan penerapan standar teknis, serta pembinaan peningkatan mutu dan pengolahan hasil hortikultura;
- pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan penyusunan laporan Kelompok Substansi Sarana Prasarana dan Pengolahan Pemasaran Hasil Hortikultura; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai tugas dan fungsinya.